Im Jahr 1818 zwang eine schwierige wirtschaftliche Lage Abt Gotthard in den Ruhestand, woraufhin dem Stift ein Sparkurs auferlegt wurde, der auch die (erneute) Aufhebung des Gymnasiums vorsah. Um die Schließung der einzigen höheren Bildungseinrichtung in der nördlichen Steiermark zu verhindern, wurde nun von der damaligen Kreishauptstadt Judenburg interveniert und beim Landesfürsten um eine Verlegung des Admonter Gymnasiums dorthin angesucht. Der Schulbetrieb in Judenburg wurde 1820 aufgenommen.
Auch in dieser Phase der Geschichte blieb eine kleine private Lehranstalt in Admont bestehen: Es folgte die hundertjährige Ära des Admonter Sängerknabeninstituts. Ab den 1840er-Jahren wurden zusätzlich zum „Regens Chori“, welchem die musikalische Ausbildung der meist 5–7 Sängerknaben oblag, weitere Mönche für den Unterricht und administrative Tätigkeiten eingesetzt. Die Schülerzahl betrug, ergänzt um einige Externe, stets ca. ein Dutzend. Die Expertise der ab 1857 (mit der Auflassung des Judenburger Gymnasiums) wieder in Admont zur Verfügung stehenden Lehrkräfte bewirkte ein gestiegenes Interesse und ein Anwachsen auf ca. 30 Schüler. Spätestens unter Abt Karlmann Hieber dürfte das erklärte Ziel in der erneuten Umwandlung in ein Vollgymnasiums bestanden haben.