Durch den Anschluss Österreichs an Nazideutschland erlebten Stift und Schule den markantesten Einschnitt ihrer Geschichte. Das Gymnasium wurde aufgelöst, die Patres von der Schule abgezogen und schließlich gänzlich aus dem Kloster vertrieben. Werke christlichen Inhalts sowie Bücher mit „österreichischem Gedankengut“ wurden von den Nazis aus den Schüler- und Lehrerbibliotheken beseitigt. 1938 wurde in den Stiftsräumlichkeiten die „Franz-Ebner-Oberschule für Jungen“, eine nach nationalsozialistischen Erziehungsvorstellungen geführte staatliche Lehranstalt eingerichtet. 1942 erfolgte die Umwandlung in eine „Deutsche Heimschule“. Heldensagen und Militärübungen gehörten ebenso zum Schulalltag wie nationalsozialistische Rasselehre. Unter den bis zu 200 an Oberschule und Heimschule Ausgebildeten waren (entgegen der Bezeichnung) auch Mädchen, die wohl aufgrund individueller Umstände (z. B. der Distanz zur nächsten höheren Mädchenschule) die Genehmigung zur Teilnahme am Unterricht erhalten hatten. Als das Kriegsende der „Deutschen Heimschule“ ihre sofortige Auflösung beschied, war nur noch ein Bruchteil der Schülerinnen und Schüler in Admont verblieben, die meisten längst zum Kriegsdienst eingezogen worden. Die Maturajahrgänge 1944 und 1945 erhielten eine „Reifeklausel“.